Tetapi nampaknya Sultan Raja tidak puas dengan tindikan ayahandanya, Hamengkubuwana II. Melalui seorang perantara bernama Babah Jien Sing. Surat itu isinya melaporkan bahwa di bawah pemerintahan Hamengkubuwana II, Yogyakarta menjadi kacau.
Dengan membaca isi surat dari Sultan Raja itu, Raffles menyimpulkan bahwa Sultan Hamengkubuwana II seorang yang keras dan tidak mungkin diajak kerja sama bahkan bisa jadi akan menjadi duri dalam pemerintahan Raffles di tanah Jawa.
Oleh karena itu, Raffles segera mengirim pasukan di bawah pimpinan Kolonel Gillespia untuk menyerang Keraton Yogyakarta dan memaksa Sultan Hamengkubuwana II turun tahta. Sultan Hamengkubuwana II berhasil diturunkan dan Sultan Raja dikembalikan sebagai Sultan Hamengkubuwana III.
Sebagai mibalannya Hemngkubuwana III harus menandatangani kontrak bersama Ingris. Isi politik kontrak itu antara lain sebagai berikut.
– Sultan Raja secara resmi ditetapkan sebagai Sultan Hamengkubuwana III, dan Pangeran Natakusuma (saudara Sultan Sepuh) ditetapkan sebagai penguasa tersendiri di wilayah bagain dari Kesultanan Yogyakarta dengan gelar Paku Alam I.
– Sultan Hamengkubuwana II dengan puteranya Pangeran Mangkudiningrat diasingkan ke Penang; dan
– Semua harta benda milik Sultan Sepuh selama menjebata sebagai sultan dirampas menjadi milik pemerintahan Inggris.
***
